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南京大学是我国现代气象教育的发祥地。1920年，竺可桢应郭秉文校长的邀请，加入了南京大学的前身——南京高等师范学校；翌年，该校更名为国立东南大学，并设立了地学系，竺可桢担任系主任，并着手教授近代气象学课程；到了1924年，国立东南大学的地学系增设了地质、气象、地理三个小组，其中气象小组成为我国首个气象学专业；1928年，国立中央大学成立，地学系内部调整为地质矿物门和地理气象门，同时，中央研究院气象研究所在南京北极阁落成，竺可桢被任命为所长；1930年，地学系进一步划分为地质学系和地理学系，胡焕庸担任地理学系主任，地理学系内又分设了地理和气象两个小组；1944年，气象小组从地理学系独立出来，成立了国立中央大学气象系，这标志着我国首个气象学系的诞生，黄厦千成为该系的首任主任。

1949年，国立中央大学变更为国立南京大学，涂长望担任气象学系主任一职。到了1952年，全国高校进行了院系调整，浙江大学与齐鲁大学的气象专业师生被整合进南京大学的气象学系；此外，我国高校首次设立了气候学专业。1958年，我国首个大气物理专业应运而生。1978年，南京大学迎来了恢复高考后的首届本科生和硕士研究生。在1983年，天气动力学与气候学被正式认定为国家级的关键学科，同时，这两个领域也分别设立了博士研究生培养点。1985年，气象学系改名为大气科学系南京大学历年分数线，同时成立了大气环境专业；1988年，气象学被认定为国家级重点学科；1996年，设立了大气科学博士后流动站；1999年，建立了大气科学一级学科的博士培养点；2000年，成立了中尺度灾害性天气教育部重点实验室；2006年，开设了本科应用气象学专业，并将本科大气科学专业评为江苏省的示范专业；2007年，大气物理学和大气环境学科被列为国家重点培育学科；2008年，本科大气科学专业被认定为国家级理科基础科学研究和教学人才培养基地网校头条，以及教育部特色专业；同年，成立了大气科学学院南京大学历年分数线，其下设有气象学系和大气物理学系；2009年，创立了气候与全球变化研究院；2010年，建成了现代化的南京大学气象台；2012年，建成了地球系统区域过程综合观测试验基地（SORPES）；2013年，与7所高校及4个科研机构共同组建了江苏省气候变化协同创新中心；2015年，获得了大气与地球系统科学（教育部）国际合作联合实验室的批准；2016年，拥有中国气象局-南京大学气候预测研究联合实验室、中国气象局-南京大学天气雷达及资料应用联合开放实验室。